シリアル通信では、タイマーオートストアは開始、終了時刻を指定した1回のみのストアを想定しています。ご指摘のように、「Timer mode Measurement is completed.Push any key.」が表示された状態ですと、通信コマンドを受け付けない状態になります。連続的なストアを行う場合は、通常のオートストアを使用してください。