ストアデータの上書き時に削除データが多いと、消去に時間ががかりその分、測定データが保存されません。
動作としては、以下のようになります。
1　ストアキー押下
2　上書き確認
3　測定時間開始時間の確定
4　上書きファイルの消去
5　データのストア開始

概算ですが、消去時に約36000個以上のデータがあるとずれを発生します。
ただし、タイマーオートストアを使用した場合は、待機中にデータを消去しますので、総測定時間とデータ個数がずれることはありません。測定時間とデータ個数がずれる理由は、先頭データが記録されていないことによります。途中のデータが抜けていることはありません。
このずれを発生させない手段としてストアの際に、別のストア名にてストアを行なうか、上書きではなく、コンピュータで不要なデータを削除してからストアを行なってください。